İskeçe'den Bursa'ya göç etmiş bir ailenin oğlu olarak 1951 yılında Bursa'da doğdu. Amatör bir kemancı olan annesi 5 yaşlarından itibaren her türlü müzikli oyuncaktan rahatça melodi, darbuka, tef gibi vurmalı çalgılardan çok zor ritmleri kolayca çıkartabilen oğlunun yeteneğini ilk keşfeden kişi oldu. Hatta İstanbul'a gittiklerinde halasının komşularının evindeki piyanoda tek parmakla melodi çalması üzerine komşuların: "acaba dahi çocuk mu?" gibi tanımlamalarından sonra 6 yaşındaki Yusuf Eker, klasik piyano eğitimi almaya başladı.


5 yıl süreyle İsviçreli öğretmeni Füruzan Akön'den, yatılı okula İstanbul'a gittiği ortaokul yıllarında ise bir yıl süreyle Rana Erksan'dan piyano ve solfej eğitimi aldı. Galatasaray Lisesi'nde okuduğu yıllarda Serdar Öztürk yönetimindeki 50 kişilik polifonik koroya piyano ile eşlik etti.


İlerleyen yıllarda pop müziğe ağırlık verdi ve 1968-1976 yılları arasında, aralarında İlhan İrem 'in de bulunduğu "Meltemler" adlı grubuyla çeşitli gece klüplerinde piyano ve klavye çalarak profesyonelliğine adım attı. İçindeki en büyük tutku olan "jazz" daha sonraki yıllarda onun vazgeçilmez bir parçası oldu.


6 yıl süreyle Uludağ Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'nde caz tarihi dersleri veren Yusuf Eker, 15 ay önce başlattığı "Jazz Türküleri" adlı projeyle konserler vermektedir. Eker Müzik'in de sahibi olan Yusuf Eker, kurmuş olduğu "Mecazi" ile turnelerine devam ediyor.